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課程名稱 |
計算藥物學
PHARMACOINFORMATICS |
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開課學期 |
97-2 |
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授課對象 |
學程 系統生物與生物資訊學程 |
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授課教師 |
林榮信 |
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課號 |
PHARM5020 |
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課程識別碼 |
423 U1480 |
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班次 |
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學分 |
3 |
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全/半年 |
半年 |
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必/選修 |
選修 |
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上課時間 |
星期三6,7,8(13:20~16:20) |
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上課地點 |
基1234 |
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備註 |
總人數上限：45人 |
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Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/972pharminfo |
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課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
核心能力與課程規劃關聯圖 |
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課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
本課程提供藥物設計的理論基礎, 教導如何運用各種計算方法處理不同層次的分子模擬問題 |
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課程目標 |
提供從量子化學至分子模擬各個尺度的理論基礎, 提供有興趣從事藥物分子設計的知識背景. |
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課程要求 |
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預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
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參考書目 |
Leach, Andrew R. (2001).
Molecular Modeling, Second
Edition Addison Wesley
Longman.
Hill, Terrell L., (1986). An
Introduction to Statistical
Thermodynamics, Dover
Publications, Inc. |
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評量方式
(僅供參考) |
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No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
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1. |
期中考 |
40% |
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2. |
期末考 |
40% |
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3. |
隨堂測驗 |
0% |
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4. |
作業 |
10% |
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5. |
報告 |
10% |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
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第1週 |
2/18 |
Course Overview |
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第2週 |
2/25 |
Elementary Quantum Chemistry |
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第3週 |
3/04 |
Density Functional Theory |
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第4週 |
3/12 |
Semi-empirical methods |
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第5週 |
3/18 |
Force Field Molecular Mechanics |
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第6週 |
3/25 |
Systems of Molecular Simulations |
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第7週 |
4/01 |
Energy Minimization |
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第8週 |
4/08 |
Molecular Dynamics |
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第9週 |
4/15 |
Midterm Exam |
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第10週 |
4/22 |
Monte Carlo Methods |
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第11週 |
4/29 |
Conformational Analysis |
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第12週 |
5/06 |
Free Energy Evaluation and Computational Alchemy |
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第13週 |
5/13 |
Potential of Mean Force Calculations |
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第14週 |
5/20 |
Chemical Databases, Docking, and Virtual Screening |
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第15週 |
5/27 |
Pharmacophore and 3D-QSAR Analysis |
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第16週 |
6/03 |
Cluster Analysis |
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第17週 |
6/10 |
Reports on Term Projects |
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第18週 |
6/18 |
Final Exam |
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